鄧小平被派往江西瑞金擔任黨委書記。剛到任時就憑其出色的調解能力和裁決能力平息了當地政治迫害性質的肅反運動。不久，瑞金成了蘇維埃政府的「首都」，鄧小平離開了黨委書記的職位，而成為軍委總政治部秘書長，還擔任過紅軍報紙《紅星》報主編。

鄧小平被派到會昌擔任縣委書記，很快在那裡擴展了共產黨的組織。隨後又擔任了江西省黨的第一書記的職務。鄧小平積極推行毛澤東的「富農路線」，組織地區性的武裝力量，是當時黨內毛澤東的支持者之一。鄧小平此後也長期是毛澤東親密的戰友之一，他與周恩來的關係也非常好。

鄧小平和劉伯承二人率軍在河北南部的平原地區開闢了抗日根據地，在1月-9月之間運用劉鄧二人共同創造的「麻雀戰術」取得了很大的成效。當時來訪的美國海軍少校，駐中國國共軍隊運動的觀察員卡爾遜這樣評論鄧小平：「是一個矮小、健壯和健談的人，他對事物的理解就像對待芥末那樣敏銳。」

鄧小平回到延安，並支持了毛澤東的整風運動。周恩來後來說，鄧小平是這次運動中幾乎或完全沒有犯錯誤的人。鄧小平被提拔為中共北方局書記。1945年在中國共產黨第七次全國代表大會上當選中央委員。